负责生态环境保护工作，承担减排目标落实、环境污染防治、核与辐射监督管理、生态保护修复、生态环境准入和监测、应对气候变化，水利等工作。
（一）综合科。负责文电、档案、后勤等日常协调、运转工作，承担党的建设、督查督办、人事管理和考核、资金和财务管理、生态环境保护宣传教育及科普等工作。
（二）环境综合管理科。负责生态环境保护综合性规划、生态环保督察、生态文明体制改革、生态环境科技发展、环境安全和应急、生态环境损害赔偿等工作。
（三）水环境管理科。负责水环境、土壤环境管理，固体废物、化学品及重金属等污染防治工作，承担高新区河长办公室日常工作。
（四）大气环境管理科。负责大气、机动车、噪声、光、恶臭等污染防治的监督管理。负责核与辐射安全的监督管理，承担大气重污染天气应急相关工作。
（五）水资源管理科。负责水资源管理、水资源评价、水资源保护规划、河道管理、调水、节约用水、生态流量水量管理以及水系连通规划工作，负责水土保持监督和水文工作，承担水旱灾害防御工作。
（六）行政许可服务科。负责生态环境和水利行政许可事项审批服务，负责应对气候变化、污染物总量管控、环保“三同时”管理工作，承担政务接件大厅工作。
（七）生态环境监测科（站）。承担区域生态环境质量监测、污染源监督性监测、执法监测、突发环境污染事件应急监测、温室气体监测；负责评估区域生态环境质量并进行预测预警；负责生态环境统计工作。
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